Totaj ishte Menaxher i degës së ATK-së në Prizren, pozitë të cilën e ka ushtruar disa vite. Si bartës i kësaj pozite, Totaj ka ndjekur një program prestigjioz trajnimi në vitin 2009-2010 në Universitetin e Uashingtonit të mbështetur nga Ambasada amerikane me temën “Menaxhmenti dhe lidershipi në sektorin publik”.
Moderatori i Emisionit Pressing z. Leonard Kërcuku ka treguar në një debat me Kryetarin e PDK-së z. Memli Krasniqi se Shaqir Totaj i kishte dënuar edhe shokët e tij për mos deklarim të pasurisë.
Ai vazhdimisht ishte lavdëruar si njeri shumë i ndershëm në punën profesionale të tij.
Në këtë fushë, Totaj është certifikuar edhe si ekspert ndërkombëtar për performancë në administratën tatimore nga FMN-ja në Uashington në vitin 2015.
Totaj nuk është i angazhuar për vite të tëra vetëm profesionalisht. Në Prizren, e njohin edhe si një aktivist i sportit ku nga viti 2011 është Kryetar i klubit të basketbollit Bashkimi në Prizren.
Ndërsa nga viti 2013 ai është edhe nënkryetar i Federatës së Basketbollit të Kosovës.